Come definito nello Statuto, SIFO ha un'organizzazione unitaria su base nazionale e si articola in sezioni regionali. Tra gli organi istituzionali della Società vi è il Consiglio direttivo, che è dotato dei più ampi poteri per la gestione ordinaria e straordinaria della Società. Esso è formato da un Presidente, un Vice, un Segretario, un Tesoriere e cinque Consiglieri; i componenti il Consiglio Direttivo vengono eletti ogni 4 anni. Il Collegio dei Sindaci esercita il controllo sugli atti amministrativi e finanziari della Società. Il Collegio dei Probiviri ha il compito di pronunciarsi sul comportamento etico professionale dei Soci.
I soci eleggono, a livello regionale, un Segretario regionale che coordina l'attività in sede decentrata secondo le linee stabilite dal Consiglio Direttivo a livello nazionale.
Il Consiglio nazionale è composto
dai Segretari regionali e dai Consiglieri regionali ed esprime il proprio parere
sugli obbiettivi, le scelte strategiche e gli indirizzi operativi del Consiglio
direttivo e su tutto quanto espressamente richiesto dal Presidente del Consiglio
direttivo.
L’attività scientifica della Società si articola sulle diverse
tematiche ed argomenti di interesse generale della professione del farmacista
del SSN. Il Comitato scientifico ha funzioni
di valutazione, monitoraggio e programmazione dell’attività scientifica
della Società e delle Aree.